一、地下水沉淀和溶蝕的結果
有一種觀點，認為溶洞的形成是由水和二氧化碳發生長時間的化學反應使水中溶解有碳酸氫鈣，這種水從溶洞頂滴下時，因為水分蒸發、壓強減少或者溫度變化，使二氧化碳溶解度變小，沉淀下碳酸鈣，經過長年累月地積累，就形成了鐘乳石和石筍等。當它們再和地面的石筍連接，人們就看到了這些令人嘆為觀止的石柱。
學過化學知識的人應該知道，溶有二氧化碳的水能使巖層的石灰石溶解，使難溶的碳酸鈣轉變成可溶的碳酸氫鈣，當受熱或壓強變小，這個碳酸氫鈣又再次變成碳酸鈣沉淀下來。
大自然就是這么奇妙，但凡經過上述化學反應的洞穴，就比較容易形成各種奇特壯觀的溶洞。比如大眾相對熟知的桂林的七星巖和蘆笛巖，肇慶的七星巖，宜春的竹山洞等。
二、生物建造說
但是，上述傳統的觀念受到了中國科學家的質疑。
中國溶洞科學家經歷5年的辛苦考察，終于發現了一個秘密一溶洞的形成可能與藻類生物有關，于是便有了溶洞形成的“生物建造說”新理論。
這種新理論認為藻類是地球最早出現的原始植物，存在分布廣泛的特點，以及有匯合作用的能力和趨光生長的特性。它們集群生活，形成了許多海洋生物礁，還經常分泌鈣質、收集和粘接微細的石灰質顆粒。而溶洞中的石鐘乳有著迎著光線向上彎曲生長的特性，這和藻類的趨光生長的特性相吻合。再者，石鐘乳和石筍內部都是同心圓狀構造，很可能是藻類分泌鈣質、收集和精接微細的石灰質顆粒的結果。最后，在某些溶洞的巖石還是層狀化石結構，這種結構和古代藻類生物特征類似，在很多的溶洞表層，還生長著多樣化的藻類。
知識拓展
桂林的蘆笛洞穴
蘆笛洞，是桂林市西北郊光明山的一顆璀璨明珠。洞內有大量奇幻多姿又玲瓏剔透的石筍、石乳和石柱等景物，總長有240米。唐朝伊始，就有游客觀光此洞穴，至今洞內還存有歷代壁畫70多幅，令人驚嘆!
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